Journal Européen de Génétique Médicale
En cas de suspicion de prédisposition héréditaire aux cancers digestifs, le séquençage de nouvelle génération (« Next-Generation Sequencing, NGS ») peut analyser simultanément plusieurs gènes associés à un risque accru de développer ces tumeurs. Ainsi, les panels de gènes « digestif » (GI) sont couramment utilisés dans les laboratoires français de génétique. Mais l’absence de recommandations internationales a conduit à des disparités dans la composition de ces panels de gènes et dans la prise en charge des patients. Pour harmoniser les pratiques, le Groupe Génétique et Cancer (GGC)-Unicancer a mis en place un groupe de travail qui a réalisé une revue de la littérature pour 31 gènes d’intérêt dans ce contexte et établi une liste de gènes pour lesquels les risques estimés associés aux variants pathogènes semblaient suffisamment fiables et élevés pour une utilisation clinique. Les gènes de susceptibilité au cancer du pancréas ont été exclus.
Cette expertise a défini un panel de 14 gènes d’intérêt clinique confirmé et pertinents pour le conseil génétique : APC, BMPR1A, CDH1, EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, PMS2, POLD1, POLE, PTEN, SMAD4 et STK11. Les raisons de l’exclusion des 23 autres gènes ont été discutées entre les chercheurs. La rareté des estimations des risques tumoraux associés a conduit à l’exclusion de gènes – en particulier CTNNA1, MSH3 et
NTHL1 – malgré leur implication dans les voies moléculaires impliquées dans la physiopathologie des cancers gastro-intestinaux. Une mise à jour régulière de la littérature est prévue pour faire évoluer ce panel de gènes en cas de nouvelles données sur les gènes candidats. Des études génétiques et épidémiologiques, en collaboration internationale, sont nécessaires pour mieux estimer les risques associés aux variants pathogènes de ces gènes, sélectionnés ou non, dans le panel actuel et le faire évoluer.
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